Proteínas: Introducción
Propiedades de los seres vivos
Estructuras muy organizadas capaces de mantenerse y renovarse, autorreplicarse y ensamblarse, efectuando un consumo continuo de energía.
Composición química de los seres vivos
Las moléculas presentes en todos los seres vivos son iguales, lo que hace pensar en un ancestro común.
Elementos que forman parte de los seres vivos:
Tienen que ser escogidos del entorno, formando parte de la corteza terrestre o de la atmósfera. La primera limitación es la composición de la corteza y la atmósfera. Los criterios son que sea abundante y asequible. La composición de un ser vivo no es la misma que la de la corteza o la atmósfera sino que unos elementos se escogen antes que otros.
Elementos más abundantes: son abundantes y necesarios para los seres vivos. C, N, H y O.
Elementos traza: presentes en mínima proporción, como el Al.
El He es inerte, no forma parte de los seres vivos.
El C abunda mucho porque es capaz de formar moléculas muy largas con enlaces distintos, lo que da lugar a muchos compuestos diferentes. El Si también forma cadenas pero más cortas (menos variación) y la energía del enlace Si—O es muy alta, formando moléculas muy estables, prácticamente inmutables e imposibles de sintetizar.
Respuesta frente al agua:
La vida transcurre en entorno acuoso por lo que si un elemento debe formar parte de una célula debe responder bien al agua. El Al está en forma de hidróxidos muy insolubles, pero como el Fe es más soluble se escoge antes.
Bioelementos:
Se escogen los elementos más pequeños de cada grupo porque forman enlaces más estables. El Co o el V son más grandes pero cumplen funciones especiales.
- El P y el S son componentes de todos los seres vivos (S de proteínas y P de ácidos nucleicos)
- Iones: Na, Mg, Cl, K, Ca …
- Al y Si: a pesar de ser abundantes no son mayoritarios de seres vivos
- Altas traza: Fe, Cu, Co, Zn, Mn … presentes en todos los organismos en pequeña cantidad. Y, Mo sólo en algunos
Enlaces:
C—H, C—C, C=C, O—H, C—O, C=O, N—H, C—N, C=N, P—O, P=O …
Los enlaces no covalentes son muy importantes para la estructura tridimensional de la proteína.
Enlaces esenciales:
Amida: aminoácidos para dar proteínas. 
Tioéster: aporta energía en metabolismos. 
Fosfoanhidro: aporta energía en metabolismos. 
Biomoléculas.
Reactividad de las biomoléculas:
Depende de los grupos funcionales:
Hidroxilo, carbonilo, carboxilo, aldehído, amino, imino, tiol, fosfato, pirofosfato, fosforito.
Todas las reacciones de la célula están catalizadas de manera específica, tanto que distinguen hasta estereoisómeros. Por ello de todas las reacciones posibles sólo ocurren algunas.
Abundancia de las biomoléculas:
El 70 % del peso de una célula es agua. Las moléculas más abundantes son:
Macromoléculas 20 % (hidratos de carbono, lípidos, proteínas, ácidos nucleicos) y moléculas pequeñas e iones en menor proporción.
Las moléculas pueden ser muy grandes como el DNA porque porta mucha información, si una proteína debe unir varios ligandos ha de ser grande. Para sintetizar moléculas grandes hacen falta muchas reacciones y muchos intermediarios, que ocupan espacio. Por ello las macromoléculas están formadas por monómeros.
Macromoléculas
Hidratos de carbono
Polisacáridos formados por monosacáridos. Como tienen muchos grupos OH son polares y solubles. Las pentosas son importantes por constituir los ácidos nucleicos.
Funciones:
- Almacén de energía: glucógeno, almidón
- Estructural: celulosa en paredes celulares
Los monosacáridos se unen por medio de enlaces glicosídicos.
Lípidos
Apolares e hidrofóbicos. El ácido graso es el lípido más sencillo (cadena hidrocarbonada con carboxilo al final). Los lípidos son ácidos grasos más glicerol, lo que da una grasa (triglicérido), Su función es exclusivamente reserva de energía. Cuando sobra energía se sintetizan grasa para luego movilizarlas. Si en lugar de reaccionar con 3 ácidos grasos un sustituyente es un derivado del fosfato se crea un fosfolípido que tiene 2 partes, una apolar (ácido graso) y otra muy polar (fosfato). Es una molécula anfipática muy importante en la constitución de membranas.
Ácidos nucleicos
Son polinucleótidos unidos por enlaces fosfodiéster. Cada nucleótido está formado por 3 partes:
Ribosa + base nitrogenada + fosfato
Como hay 5 bases nitrogenadas derivadas de purinas y pirimidinas hay 5 nucleótidos distintos.
Los genes se localizan en el DNA. El DNA y el RNAm cumplen funciones de expresión e información.
Hay nucleótidos que tienen función propia como el ATP.
El RNA tiene ribosa y el DNA desoxirribosa (porque le falta 1 OH).
Proteínas
Aminoácidos unidos en polipéptidos unidos por enlaces amida (peptídicos). En el mismo carbono (α) tiene el grupo amino y el carboxilo, las diferencias surgen en los huecos, pues puede tener sustituyentes polares y apolares. Las proteínas están formadas por 20 aminoácidos esenciales. Son las moléculas más diversas en cuanto a tipo de función y estructura. Funciones:
- Enzimática: catalizadores de todas las reacciones
- Transportadora: transporte de O₂ por la hemoglobina
- Estructural: colágeno, queratina
- Defensa celular: anticuerpos
- Señalización celular: hormonas
Tal diversidad se consigue combinando monómeros para formar moléculas muy largas. Número de posibilidades: NL donde N es el número de monómeros existentes y L número de monómeros de la molécula.
Reactividad entre biomoléculas
En la célula hay muchas moléculas juntas, por lo que hay muchas reacciones posibles.
Degradación:
Hay reacciones que degradan las moléculas convirtiendo los polímeros en monómeros que se pueden volver a utilizar o hidrolizarlos para obtener energía.
Síntesis:
Se sintetizan monómeros y luego a partir de ellos polímeros, igual para estructuras supramoleculares. Sintetizar algo implica aumentar el orden, los seres vivos se ordenan y mantienen su orden. Los procesos desfavorecidos termodinámicamente se hacen a expensas del entorno, desordenándolo por cesión de calor. Es necesario un aporte continuo de energía para impulsar procesos no favorables. La energía se extrae del entorno, se transforma y se usa para trabajos de la célula (movimiento, síntesis).
Bioenergía
Criterio de espontaneidad:
Un proceso es espontáneo si ΔS > 0 y ΔG < 0. ΔG = ΔH - T·ΔS. Tipos de reacciones:
Exergónica: ΔG < 0, posible.
Endergonica: ΔG > 0, imposible si no se aporta energía.
Sintetizar moléculas no es un proceso favorable por lo que se debe aportar energía. La única manera de impulsar un proceso no favorables es acoplarle un proceso muy favorable. La transformación de B en C es posible (ΔG < 0) y se libera energía. Para transformar A en B se acopla B en C y el proceso es favorable.
No se acoplan las reacciones de degradación con las de síntesis sino que existe un acoplador universal o moneda energética ATP. Al degradar moléculas se sintetiza ATP y al sintetizar se usa el ATP. ADP + fosfato ATP
La fuente de energía son los nutrientes (alimentos o reservas), degradando moléculas orgánicas muy complejas en moléculas más sencillas. Algunos organismos son fotosintéticos y usan la energía de la luz para sintetizar moléculas orgánicas a partir de inorgánicas.
La síntesis de ATP es contínua. El metabolismo es el conjunto de reacciones de degradación (catabolismo) y síntesis (anabolismo).
Para que los reactivos se transformen en productos contenido energético reactivos > contenido energético productos, aunque la reacción puede ser muy lenta. Para que la velocidad sea apreciable:
- Se ha de sobrepasar la energía de activación, por ello algunas moléculas no se transforman en otras espontáneamente
- Para ayudar a una reacción se puede aumentar la energía aumentando la temperatura, pero no en una célula porque es constante. Para rebajar la energía de activación se usan catalizadores, así que sólo ocurren las reacciones catalizadas por los enzimas. Muchas moléculas se transformarían en otras espontáneamente en las condiciones celulares pero no es así porque no sobrepasan la energía de activación. Los enzimas son proteínas muy específicas por lo que de todas las reacciones sólo ocurren algunas. Cada reacción tiene su enzima
Principio de máxima economía:
Una reacción sólo se produce cuando se necesita bloqueando la acción de algunos de los enzimas que intervienen en el proceso. Otros enzimas no están regulados, pero como están encadenados una ruta se para al bloquear sólo uno.
Para sintetizar una molécula se ha de saber el orden de los monómeros y de ello se encargan moléculas informadoras contenidas dentro de la célula: el DNA tiene la información genética para hacer todas las proteínas y regular su síntesis. Todo el DNA forma el genoma de la célula. Todas las células de un organismo tienen el mismo DNA en los cromosomas (formados por DNA y proteínas). Las proteínas acomplejan al DNA para regular su actividad y darle estructura. En el DNA están localizados los genes, que son una zona del DNA que tiene la información para la síntesis de una proteína. Unas células expresan unas proteínas y otras por lo que se diferencian. Para sintetizar proteínas a partir de DNA se usa otro ácido nucleico que es el RNA, que es una copia de un gen del DNA para hacer una proteína. La molécula de DNA puede replicarse, a partir de una salen dos iguales. La célula gasta mucha energía para que la fidelidad sea absoluta.
Editor: Ricardo Santiago Netto (Administrador de Fisicanet).